El médico introduce el endoscopio a través de la boca y la garganta, pasa por el estómago hasta llegar al duodeno.  Una vez que el médico visualiza la abertura común de los conductos procedentes del hígado y del páncreas, denominada papila duodenal mayor, pasa un fino tubo de plástico, denominado catéter, a través del endoscopio y lo introduce en los conductos. Luego inyectará un material de contraste (colorante) en los conductos pancreáticos o biliares y tomará radiografías.